O objetivo deste trabalho foi avaliar a resposta ao enraizamento e à aclimatização do porta-enxerto de macieira Marubakaido micropropagado e submetido a diferentes substratos e condições de aclimatização antes da transferência para o viveiro. A indução ao enraizamento foi realizada ex vitro, imergindo 1,0 cm das bases das microestacas em uma solução de 1g.L-1 de AIB (ácido indolbutírico) durante 10 segundos. Os tratamentos utilizados foram de 0; 10; 15; 20 e 30 dias na sala de aclimatização, com posterior transferência para a câmara de nebulização, ali permanecendo até completar 30 dias. Como substratos, foram utilizadas as combinações de Terra Roxa Estruturada e Vermicomposto (TRE:V) e Terra Roxa Estruturada e Casca de Arroz Carbonizada (TRE:CAC), na proporção de 1:1 (v:v). Após 30 dias, foram avaliados o enraizamento, a sobrevivência e o crescimento das mudas, que foram então transferidas para casa de vegetação. Após 60 dias de cultivo na casa de vegetação, foram avaliados o número de folhas e a altura da parte aérea, e, após 90 dias, foram repetidas as avaliações efetuadas aos 30 dias. Aos 30 dias, a percentagem de enraizamento no substrato TRE:V foi de 78 % e no substrato TRE:CAC foi de 99%. Essa percentagem diminuiu para 64% no substrato TRE:V e 83% no substrato TRE:CAC aos 60 dias, e manteve-se estável aos 90 dias. O número médio de raízes foi maior em mudas que permaneceram 20 dias em sala de aclimatização e 10 dias em câmara de nebulização, com 16 raízes no tratamento que manteve 0 dia na sala de aclimatização e 30 dias na câmara de nebulização com 14 raízes. O maior crescimento médio das raízes (8,2 cm) aos 90 dias foi no substrato TRE:CAC. O substrato TRE:V possibilitou os melhores resultados médios para parte aérea. Os resultados obtidos indicam a possibilidade de enraizar este porta-enxerto ex vitro, em substrato, simultaneamente com a aclimatização em câmara de nebulização.