O objetivo deste trabalho foi quantificar a porcentagem de plantas zigóticas e nucelares de Poncirus trifoliata (L.) Raf. em uma população resultante de polinização aberta e avaliar a eficiência de seleção de plantas nucelares com base na morfologia e no vigor. Sementes de frutos maduros foram semeadas em tubetes de 50 cm³, e após 150 dias as plantas foram transplantadas para sacos de plástico. A morfologia foliar e a altura das plantas foram avaliadas 300 dias após a semeadura, e a caracterização genética foi feita por sistemas isoenzimáticos. Em média, obteve-se 1,07 plantas por semente, e o número máximo observado foi de duas plantas por semente. Nesses casos, ambas as plantas foram caracterizadas como nucelares por análise isoenzimática, embora apresentassem tamanho diferenciado e menor do que a média de altura das demais. As plantas zigóticas identificadas, 5,9% da população, distribuíram-se nas classes de menor altura, manifestando depressão genética. Não foram observadas plantas com vigor híbrido. A diferenciação entre as plantas nucelares e zigóticas, por meio de caracteres morfológicos da folha, não foi possível. O descarte visual das plantas menores, cerca de 30% da população, é eficiente na seleção de porta-enxertos nucelares de trifoliata produzidos em tubetes em ambiente protegido.