Observou-se alta contaminação bacteriana nos explantes de mamoeiro introduzidos in vitro, a partir de plantas matrizes desenvolvidas no campo, independentemente da época do ano em que se realizaram as coletas. O uso de desinfestantes superficiais, como álcool e hipoclorito de sódio, garantiram níveis aceitáveis de controle apenas para fungos, não para bactérias. A rifampicina, por tratamento de imersão ou introdução em meio de cultura, controlou satisfatoriamente as contaminações de caráter endofítico, obtendo-se 70% de explantes sadios, sem sinais de fitotoxicidade.