Avaliou-se o efeito de diferentes sistemas de cultivo na estabilidade de agregados em água de um Latossolo Vermelho-Amarelo de textura média, no Município de Querência, Mato Grosso. Foram selecionadas nove áreas contíguas: uma coberta com vegetação de mata natural de transição de cerrado para mata amazônica e as outras com sistemas de cultivos anuais. Coletaram-se amostras indeformadas de solo, para a determinação de estabilidade dos agregados em água, da granulometria, e da matéria orgânica. Ocorreram modificações na estrutura e matéria orgânica do solo, causadas pelos diferentes sistemas de cultivo, a partir do preparo da área para o primeiro plantio. Os maiores fracionamentos de agregados ocorreram nas áreas preparadas com grade aradora e grade niveladora para o monocultivo da soja durante quatro e seis anos. O plantio direto da soja sobre a palhada do milheto, por dois anos consecutivos, proporcionou maior estabilidade de agregados do solo. A porcentagem de matéria orgânica correlacionou-se positivamente com a porcentagem de agregados estáveis em água maiores que 2 mm, com o diâmetro médio ponderado dos agregados e com o grau de floculação.