O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito do armazenamento na qualidade fisiológica de sementes de cinco populações de milho submetidas aos estresses de Al no solo e de seca no florescimento. Cinco populações de milho (CMS06, CMS35, CMS36, CMS54 e Milho Metro) foram cultivadas em solos com dois níveis de fertilidade: o primeiro, apresentando alta saturação de bases (V = 67%), e o segundo, alta saturação de Al (m = 54%). As populações de milho foram também submetidas à irrigação plena e à supressão de irrigação durante o florescimento. As sementes obtidas dessas populações foram armazenadas no laboratório de sementes sob condições ambientais. A qualidade fisiológica das sementes foi determinada no início e aos 30, 90 e 210 dias de armazenamento. As sementes da população CMS36 apresentaram maior vigor quando produzidas em solos com alta saturação de alumínio. A população CMS54 foi a mais estável com relação à qualidade fisiológica das sementes produzidas em diferentes ambientes. As sementes das populações CMS35, CMS36, CMS54 e Milho Metro foram mais estáveis com relação à qualidade fisiológica, durante o período de armazenamento, do que as da CMS06.