O algodoeiro herbáceo (Gossypium hirsutum L. r. latifolium Hutch.) é uma planta considerada sensível à deficiência de oxigênio do solo. O objetivo deste trabalho foi avaliar a fisiologia e produtividade do algodoeiro cultivar CNPA 7H, em casa de vegetação, submetido à anoxia, por encharcamento do solo, na fase de plântula. Foram conduzidos dois experimentos em blocos ao acaso, com sete períodos de encharcamento e seis repetições. No encharcamento de quatro dias ocorreu uma redução na atividade da invertase de 76,69%, da beta-amilase de 77,37% e da redutase do nitrato de 51,10%. A fotossíntese foi afetada a partir do primeiro dia e alcançou decréscimo de 58,63% no décimo quarto dia de encharcamento; os carboidratos foram acumulando-se nas folhas, caule e raízes. O rendimento de algodão em caroço foi reduzido em 35,76% no décimo dia do estresse anoxítico.