Avaliou-se a ocorrência de fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) no solo rizosférico e nas raízes de cafeeiro (Coffea arabica L.) e de Crotalaria breviflora DC., cultivada na entrelinha como adubo verde. Amostras de solo rizosférico e raízes foram coletadas em julho de 1997, em parte de um experimento de longa duração conduzido no campo pelo Instituto Agronômico do Paraná, no município de Mirasselva, PR. Determinou-se a diversidade de FMAs, por meio da identificação morfológica dos esporos, a freqüência de ocorrência de populações de FMAs por meio da contagem direta de esporos no solo, e a colonização radicular. Extraiu-se DNA de raízes de cafeeiro colonizadas e não-colonizadas e de esporos de Acaulospora longula e Scutellospora gilmorei, coletados na rizosfera, realizando-se a PCR ("Polimerase chain reaction") com primers ITS ("Internal transcribed spacer") e comparando os perfis de bandas obtidos. O cultivo de crotalária na entrelinha do cafeeiro aumentou a concentração de esporos de FMAs na rizosfera do cafeeiro. A crotalária e o cafeeiro estimularam populações diferentes de FMAs. O gênero Acaulospora predominou na rizosfera do cafeeiro, e Scutellospora e Gigaspora na rizosfera da crotalária. Usando técnicas moleculares, foi possível caracterizar FMAs na rizosfera e nas raízes colonizadas do cafeeiro. O fungo micorrízico Scutellospora gilmorei, de ocorrência comum em cafeeiro e crotalária, não foi encontrado colonizando as raízes do cafeeiro. O uso de técnicas moleculares pode auxiliar no estudo da dinâmica populacional de FMAs no campo.