Ostdeutschland ist hinsichtlich seiner Innovationspotentiale kein monolithischer Block, sondern weist eine sehr differenzierte regionale Innovationsstruktur auf. Regionale Schwerpunkte innovativer Aktivitäten bilden neben Berlin und seinem unmittelbaren Umland vor allem sächsische und thüringische Raumordnungsregionen. Es ist also ein gewisses Süd-Nord-Gefälle der Innovationskraft zu konstatieren, wie es für Westdeutschland seit langem bekannt ist. Die Agglomerationsräume – und insbesondere die vom Sachverständigenrat zur Begutachtung der gesamtwirtschaftlichen Entwicklung identifizierten Wachstumspole – nehmen hinsichtlich verschiedener Innovationsindikatoren Spitzenpositionen in Ostdeutschland ein. Zu den Indikatoren zählen die Patent- und FuE-Intensität, die Aktivitäten am Neuen Markt, der Besatz mit Venture-Capital-Unternehmen sowie die Gründungsintensität. Bedenklich stimmt jedoch, dass selbst die ostdeutschen Technologiezentren hinsichtlich der meisten Indikatoren nicht einmal den gesamtdeutschen Durchschnitt erreichen und dass die Dynamik des Aufholprozesses, die bis in die Mitte der neunziger Jahre spürbar war, inzwischen verloschen ist: Die Gründungsintensität in Ostdeutschland ist nicht mehr höher als im Westen, die Patent- und FuE-Anteile Ostdeutschlands stagnieren, und die New Economy ist in Ostdeutschland drastisch unterrepräsentiert. Ob weitere Finanztransfers von West- nach Ostdeutschland hier Abhilfe schaffen können, erscheint allerdings fraglich. Zwar hat die massive öffentliche Förderung zu hohen, staatlich subventionierten FuE-Anstrengungen in der ostdeutschen Wirtschaft geführt, aber denen steht ein eher bescheidener Innovationserfolg gegenüber. In keinem Fall sollten die knappen öffentlichen Mittel für Forschung und Entwicklung als Instrumente einer ausgleichsorientierten Regionalpolitik eingesetzt werden, da sich Investitionen – gerade im Technologiebereich – am ehesten dort auszahlen, wo gewisse kritische Massen bereits vorhanden sind. Die Ausnutzung raumstruktureller Unterschiede für innovationspolitische Zwecke kann zwar durchaus als sinnvolle technologiepolitische Strategie angesehen werden. Dabei sollte es aber nicht darum gehen, zurückgebliebene Regionen in Ostdeutschland durch den Einsatz massiver Finanztransfers auf das ostdeutsche Durchschnittsniveau anzuheben oder Ostdeutschland als Ganzes auf das Niveau von Westdeutschland zu bringen. Vielmehr sollten national führende Innovationsstandorte in Ost- und Westdeutschland in international führende – bzw. international wettbewerbsfähige – Standorte transformiert werden.