Descriptive and comparative morphology supports mammal phylogeny. Since the 19th century, molars have been compared in order to pinpoint the characteristics which best define lineages. This information is assembled in the classic theories (Cope, 1883; Osborn, 1907). The lack of any explicit assessment on the genetic and embryonic development of the phenotypic criteria makes subjective its taxonomic valuation, creating conflictive hypotheses, and the taxonomy must be constantly revised. The solution comes with establishing the genesis of each molar cusp as a result of the morphogenesis of a specific area in the dental papilla, with high cellular density and intense mitotic activity. This allows us to establish an ontogenetic development which relates each adult characteristic with its corresponding embryonic morphology, where is possible to link the biotechnological data. A reference sequence (SR) is the arrangement of the molar’s assessed characteristics forming an unalterable series and which can be correlated with genotype sequences. Phylogenies are described using reference sequences, with their similarity weighted and located in time and habitat. This specific ontogeny creates a new conceptual base in classic morphology, which is able to correlate the phenotype with DNA sequences, including the use of ancient DNA techniques.Desde el siglo XIX, la morfología descriptiva y comparada de los molares, basada en la observación directa y comparación morfológica, es utilizada para elegir los caracteres, que mejor fundamenta la filogenia de los linajes de mamíferos. Los datos obtenidos muestran una conceptuación mediante las teorías clásicas (Cope, 1883; Osborn, 1907). La falta de valoración explícita de la naturaleza biológica de los caracteres elegidos como filogenéticamente significativos en las teorías clásicas, es causa de analogías falsas, que crean paradojas en los linajes y obligan a revisar constantemente la taxonomía. A partir de las observaciones que constatan la génesis de cada tubérculo, como resultado de la morfogénesis de un área específica en la papila dental con elevada densidad celular e intensa actividad mitótica, que es petrificada por una capa de esmalte, es enunciado un desarrollo ontogenético donde cada carácter adulto está relacionado con su correspondiente morfología embrionaria. Esta ontogenia donde están integrados: morfología adulta, información genética, bioquímica y procesos de adaptación ecológica, crea un ámbito conceptual de morfología descriptiva que valora la naturaleza biológica de cada carácter por: capacidad para ser heredado y grado de participación en la función masticadora. Los caracteres de un molar con su naturaleza biológica valorada, dispuestos en una serie inalterable, forman la serie de referencia (SR). Las series de referencia cuando es ponderada su similitud y ubicadas en tiempo y hábitats, describen filogenias. La ontogenia basada en la naturaleza biológica de los caracteres crea una nueva base conceptual en la morfología clásica, que es capaz de correlacionar el fenotipo con secuencias de ADN, incluyendo el empleo de técnicas para recuperar el ADN en los fósiles.Este estudio ha sido sostenido por el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), Universidad de Granada y Grupo de Investigación de la Junta de Andalucía (AR 166).Peer reviewed