In situ microscopy consists of simultaneously applying several microscopy techniques without separating the biological component from its habitat. Over the past few years, this strategy has allowed characterization of the biofilms involved in biodeterioration processes affecting stone monuments and has revealed the biogeophysical and biogeochemical impact of the microbiota present. In addition, through in situ microscopy diagnosis, appropriate treatments can be designed to resolve the problems related to microbial colonization of stone monuments.La microscopía in situ consiste en aplicar simultáneamente varias técnicas de microscopía sin separación de los componentes biológicos de su hábitat en la roca. Durante los últimos años, esta estrategia ha permitido caracterizar las biopelículas implicados en los procesos del biodeterioro que afectan los monumentos de piedra y ha revelado el impacto biogeofísico y biogeoquímico de la microbiota presente. Además, el diagnóstico mediante microscopía in situ permite diseñar tratamientos apropiados para resolver los problemas relacionados con la colonización microbiana de los monumentos de piedra.Financial support was provided by Projects PGC BOSS2003 02418 and JCL SEK 504.Peer reviewed